Ce livre est une somme unique des connaissances actuelles sur les microbes et sur les moyens de nous en défendre. Il parle aussi de la nécessité de les préserver, car ils sont indispensables aux grands équilibres de la planète. Ce paradoxe fondamental ne pourra être résolu sans une compréhension de la relation parfois houleuse, souvent apaisée, entre Homo sapiens et le monde microbien. Philippe Sansonetti nous accompagne avec clarté et passion, au fil de chapitres courts et percutants, dans les dédales de cette fascinante relation pour le pire et pour le meilleur.
Virus, bactéries, champignons, parasites nous accompagnent depuis la nuit des temps, mais ce n’est que depuis un siècle et demi que la science et la médecine ont permis aux États de construire un modèle de santé publique qui a fait merveille au xxe siècle en soulageant les sociétés – du moins celles du Nord – du fardeau écrasant des maladies infectieuses. Hygiène individuelle et collective, vaccins, antibiotiques, épidémiologie ont été les principaux outils de ce « miracle sanitaire ».
Pourtant, depuis quelques décennies, à la faveur des changements du monde – démographiques, sociologiques, économiques, écologiques, climatiques –, ce modèle a été mis à rude épreuve et les maladies infectieuses ont fait un retour offensif. Entre antibiorésistance, défiance vaccinale et émergence de nouveaux pathogènes, on a vu ressurgir le fléau des épidémies.
Philippe Sansonetti recense et analyse ces menaces qui ignorent les frontières nationales, géographiques, sociales et même les frontières entre espèces humaine et animales. Face à elles, il défend la nécessité de nouvelles stratégies appuyées sur l’approche « une seule santé », car la santé humaine est inséparable d’un environnement planétaire global incluant la totalité du vivant, y compris les écosystèmes microbiens. C’est la condition pour anticiper les risques pandémiques et nous en protéger efficacement.

Un livre engagé, sans équivalent, par un grand expert.
Une référence indispensable pour comprendre, prévoir et agir.

Philippe Sansonetti est professeur émérite à l’Institut Pasteur et au Collège de France, où il a été titulaire de la chaire « Microbiologie et maladies infectieuses ». Il est membre de l’Académie des sciences et a publié plusieurs ouvrages, dont Vaccins en 2017. 

1. Couverture
2. Titre
3. Copyright
4. Dédicace
5. Des microbes et des hommes, pour le pire et pour le meilleur
6. Partie I - L’établissement du paradigme de santé publique du xxe siècle
   1. Chapitre 1 - Une brève histoire de l’invention de la médecine moderne
   2. Chapitre 2 - Le triomphe de la santé publique : grandeur et servitudes
      1. L’État s’appuie sur l’instituteur et le médecin pour promouvoir le progrès
      2. La lutte contre les maladies infectieuses : de l’« hygiène publique » à la « santé publique »
      3. La France en retard ?
      4. Développement de l’épidémiologie
   3. Chapitre 3 - Immuniser toute la planète : les succès de la vaccination sans frontières
      1. Évolution des vaccins
      2. Vaccins et adjuvants
      3. Des vaccins adaptés à leurs cibles
   4. Chapitre 4 - ARN messager superstar : de la biologie moléculaire à la médecine moléculaire
      1. De la biologie moléculaire à la médecine moléculaire : nouveaux paradigmes scientifiques et thérapeutiques
      2. L’émergence de la thérapie ARN
   5. Chapitre 5 - De la « chimie biologique » aux antibiotiques : naissance de la « chimie thérapeutique »
      1. La chimie thérapeutique devient moléculaire
      2. L’invention des sulfamides, une histoire franco-allemande
      3. La pénicilline et les antibiotiques
      4. Un formidable progrès médical, mais venu trop tard pour Gustav Mahler
   6. Chapitre 6 - De l’« âge d’or » à la « panne » des antibiotiques
      1. De la découverte des antibiotiques à l’invention de l’antibiothérapie
      2. L’« âge d’or » des antibiotiques
      3. La « panne » des antibiotiques
7. Partie II - Tensions socio-économiques, médicales et sociologiques sur le paradigme de santé publique du xxe siècle
   1. Chapitre 7 - Fin du miracle et émergence d’un nouveau paradigme ?
   2. Chapitre 8 - La pauvreté, mère des maladies infectieuses
   3. Chapitre 9 - Les progrès de l’espérance de vie : succès et risque en santé publique
      1. Le vieillissement, un nouveau défi pour la santé publique
      2. Le déclin des défenses immunitaires
   4. Chapitre 10 - Les risques infectieux de la médecine moderne
      1. Progrès thérapeutique et risque infectieux : hémopathies et cancers
      2. Traitements immunosuppresseurs et risque infectieux
      3. Médecine de précision et réduction du risque infectieux
      4. Risque infectieux en soins intensifs et en réanimation
      5. Le temps des infections nosocomiales
   5. Chapitre 11 - Les vaccins : une inquiétante défiance
      1. Antivax : une affaire vieille… comme la vaccination
      2. Obligation vaccinale, confiance puis défiance en France
      3. Le péché originel de la défiance vaccinale en France
      4. Article frauduleux, fake news, « vérités » alternatives
      5. Défiance et discours antivax : des confusions et des effets mortifères
      6. L’industrie du vaccin : son rôle et ses mutations
      7. Un bilan objectif des effets secondaires des vaccins ?
8. Partie III - Des tensions inquiétantes sur les antibiotiques et les vaccins
   1. Chapitre 12 - Quand les microbes changent : la crise de la résistance aux agents antimicrobiens
      1. Les effets de la résistance aux agents antimicrobiens
      2. L’urgence de réduire la consommation. « Les antibiotiques, c’est pas automatique »…
   2. Chapitre 13 - L’antibiorésistance, une crise globale
      1. Les antibiotiques dans l’élevage
      2. Les antibiotiques en aquaculture
      3. Des alternatives existent
      4. Pollution environnementale par les antibiotiques
   3. Chapitre 14 - Les bactéries font de la résistance
      1. Résistance et résistance à la résistance : mécanismes et stratégies
   4. Chapitre 15 - Bactéries vs antibiotiques : vieille histoire et lutte continue
      1. Transfert latéral de gènes et évolution à court et à long terme
      2. Évolution accélérée
      3. Les éléments génétiques mobiles dans le transfert latéral de gènes : plasmides, transposons, intégrons
   5. Chapitre 16 - Une crise dans la crise, la menace des carbapénèmases
      1. Une crise multiniveaux : du gène au système médical et aux échanges internationaux
   6. Chapitre 17 - Sur la piste des gènes de résistance aux antibiotiques, naissance de l’archéomicrobiologie
   7. Chapitre 18 - Le plus facile est derrière nous : les raisons de la « panne des antibiotiques » au xxie siècle
      1. Obstacles scientifiques et obstacles commerciaux
      2. Le problème du retour sur investissement
      3. Les difficultés scientifiques
      4. Crise de la chimie thérapeutique, essor de la médecine moléculaire personnalisée
   8. Chapitre 19 - Quelles solutions pour découvrir de nouveaux antibiotiques au xxie siècle ?
      1. « Rénover l’innovation » : nouveaux modèles économiques, nouvelles approches de recherche
      2. Stratégies de rupture et sauts technologiques
      3. Métagénomique et culturomique
      4. Des espoirs : Tara Océan, la découverte de la teixobactine
      5. D’autres approches innovantes pour découvrir des antibiotiques
      6. Des molécules protectrices des antibiotiques, ça marche et c’est une priorité
   9. Chapitre 20 - L’aube d’une ère postantibiotique ? Quel horizon ?
      1. Stratégies antivirulence
      2. Le cas des biofilms
      3. Retour aux bactériophages : l’héritage de Félix d’Hérelle
      4. Une approche microbio-écologique de la résistance ?
   10. Chapitre 21 - Tensions sur les vaccins
       1. Tuberculose et BCG
       2. Un vaccin contre le VIH ?
       3. Un vaccin contre le paludisme ?
       4. Ruptures de stocks vaccinaux
       5. Octobre 2020, veillée d’armes : les premiers vaccins anti-Covid-19 sont annoncés
9. Partie IV - Le nouveau monde des maladies infectieuses
   1. Chapitre 22 - La planète change : émergence des maladies infectieuses
      1. Anthropocène, endémies et pandémies
   2. Chapitre 23 - Conséquences sociétales des pandémies : les leçons de l’histoire
      1. La peste
      2. La variole
      3. Le choléra
      4. La tuberculose
      5. Le sida
   3. Chapitre 24 - Pandémie : une tragédie en trois actes…
   4. Chapitre 25 - Les pandémies peuvent-elles vraiment s’arrêter ?
   5. Chapitre 26 - Du sida au SRAS et au Covid-19 : apprendre des succès et des échecs
      1. Sida : extension pandémique en dépit de la prévention
      2. Le SRAS : une victoire sans vaccin, malgré les retards initiaux
      3. Et ce fut le Covid-19 !
   6. Chapitre 27 - L’éradication de la variole, une victoire difficile à réitérer
      1. Cas particulier ou modèle généralisable ?
      2. Le cas de la rougeole : les illusions perdues
   7. Chapitre 28 - Éradication de la poliomyélite : « Tu enfanteras dans la douleur »
      1. Un effort planétaire…
      2. … mais un succès encore incertain
   8. Chapitre 29 - La grippe, « mère des pandémies »
      1. Petit lexique de grippologie
      2. La grippe aux xxe et xxie siècles
      3. La fin de la grippe espagnole
   9. Chapitre 30 - Retour vers le futur : peut-on prédire la prochaine pandémie grippale ?
      1. Saut d’espèce direct, saut indirect
      2. Grippe aviaire : H5N1 et saut direct
      3. Saut d’espèce spontané et expérimentation en laboratoire
   10. Chapitre 31 - En attendant la grippe aviaire… : coronavirus et grippe porcine défient les prévisions
       1. SRAS et MERS
       2. Grippe porcine
   11. Chapitre 32 - Mars 2022 : la fin ou la fin du commencement de la pandémie de Covid ?
       1. Quel avenir pour le Covid-19 ?
       2. Une fin sans disparition ?
       3. Forces et faiblesses des vaccins à ARN messager
       4. Les leçons à retenir pour vivre avec le virus
10. Partie V - Nouveaux environnements humains, nouveaux défis médicaux
    1. Chapitre 33 - Émergence du concept d’émergence
       1. Les déterminants des environnements pandémiques
       2. Des paramètres pour le saut d’espèce ?
    2. Chapitre 34 - L’homme : celui par qui l’émergence infectieuse arrive
       1. La recherche des mécanismes menant à l’émergence infectieuse. Que s’est-il passé à Wuhan ?
       2. Repérer des environnements favorables aux pandémies ?
    3. Chapitre 35 - L’homme toujours : croissance de la population mondiale et des échanges
       1. Risques liés à la quête alimentaire : Nipah, Ebola
       2. Risques liés aux transports de masse : le SRAS, prémice de Covid-19
       3. Qu’est-ce qui donne son souffle à une pandémie ?
    4. Chapitre 36 - Les insectes vecteurs d’émergences infectieuses
       1. Des maladies tropicales
       2. Rôle et compétence des vecteurs
    5. Chapitre 37 - Changement climatique et émergence infectieuse : éloge de la complexité
       1. Des effets à l’échelle planétaire
       2. Conséquences pour le vivant
       3. Une seule santé : relier la santé humaine, la faune et la flore
       4. La saisonnalité, le climat et autres facteurs d’émergence épidémique
    6. Chapitre 38 - Le choléra : maladie environnementale et climatique d’avenir
       1. Le cycle environnemental du vibrion cholérique
       2. Symbiotique chez le zooplancton, virulent chez l’homme, et sensible au changement climatique
       3. Prédire les émergences épidémiques du choléra ?
    7. Chapitre 39 - Changements écologiques et climatiques : vers un bouleversement des systèmes vectoriels
       1. L’exemple du virus West Nile
       2. Les moustiques en France
    8. Chapitre 40 - « Une seule santé » : une matrice pour comprendre et prévenir les émergences infectieuses
       1. Hommes et animaux partagent les mêmes écosystèmes et échangent des pathogènes : l’exemple des visons
       2. La nécessité de l’expertise vétérinaire
    9. Chapitre 41 - Vers l’anticipation et le contrôle précoce des émergences ?
       1. Anticipation ou repérage précoce des émergences infectieuses ?
       2. Prévoir les pandémies ?
       3. Accélération du temps scientifique et réformes de la gouvernance
    10. Chapitre 42 - Anticiper un saut d’espèce ?
        1. PREDICT
        2. Les spumavirus en attente de saut d’espèce ?
11. Partie VI - Nouvelles frontières pour des microbes sans frontières
    1. Chapitre 43 - Le microbiote : nouveau paradigme et vision écosystémique de l’interface homme-microbes
       1. Louis Pasteur et la question de la vie sans microbes
       2. Du fantasme de la vie « sans germes » à la connaissance du microbiote
       3. Les effets de l’absence du microbiote
       4. Une précieuse symbiose microbes-hôte
       5. L’holobiote : une évolution commune entre l’organisme et son microbiote ?
    2. Chapitre 44 - Maladies de la symbiose et épidémies postmodernes non transmissibles
       1. Le coût sanitaire de la modernité : un appauvrissement en microbes
       2. De l’hypothèse hygiéniste à la prise en compte des fonctions du microbiote
       3. Des microbes aux populations microbiennes complexes. Les transplantations fécales
       4. Vers une médecine personnalisée
       5. Une perte globale de diversité microbienne ?
    3. Chapitre 45 - Faisons un cauchemar : le monde soudain privé de microbes
    4. Chapitre 46 - Changement climatique et perturbation des écosystèmes microbiens de la planète
       1. De l’importance du plus petit que soi : les microbes, acteurs essentiels du monde vivant
       2. Ce que le climat fait aux microbes. Vers une nouvelle science de l’invisible
       3. Quelques exemples : écosystèmes microbiens du sol, milieux urbains, milieux marins
12. Partie VII - En guise de conclusion et de perspectives. Que nous a appris la pandémie de Covid-19 sur nos forces et nos faiblesses ? Comment consolider un paradigme de santé publique du xxie siècle ?
    1. Chapitre 47 - Fin de la pandémie ! Et maintenant ?
       1. Fin de la pandémie, mais pas du virus. Un bilan douloureux
    2. Chapitre 48 - Les leçons de la pandémie de Covid-19
       1. Un bilan complexe et beaucoup de questions
       2. Les carences de la santé publique et de la recherche
       3. Faiblesse du développement thérapeutique : recherche et développement à redresser
       4. L’échec des « vaccins français » contre le Covid-19
       5. La difficulté de réaliser des essais cliniques en France
       6. Un système médical à repenser pour promouvoir une médecine de prévention
       7. Valoriser la santé publique, associer les vétérinaires
    3. Chapitre 49 - La science à l’épreuve du Covid-19 : à la recherche du temps (scientifique) retrouvé
       1. Nouvelles approches vaccinales et thérapeutiques
       2. Nouvelle place de la génétique
       3. Une mobilisation collective et des stratégies innovantes : un nouveau paradigme vaccinal
       4. Renaissance de l’immunothérapie passive, développement de nouveaux antiviraux
       5. Le rôle de l’épidémiologie et de la modélisation
       6. La place des sciences humaines et sociales dans la crise sanitaire
       7. Un révélateur des inégalités
    4. Chapitre 50 - Épilogue en demi-teinte
13. Notes et références bibliographiques
14. Sommaire
15. Du même auteur chez Odile Jacob