Les avancées de la biologie contemporaine posent de façon nouvelle des problèmes philosophiques anciens, tels que ceux des rapports entre le vivant et l’inanimé, entre le corps et l’esprit, l’erreur et la vérité.

La philosophie de Spinoza, bien que datant du XVII^e siècle, apporte à ces problèmes des solutions plus pertinentes que la plupart des philosophies plus récentes, développées dans les siècles qui l’ont suivie.

En retour, les acquis actuels des sciences physiques et biologiques, notamment des neurosciences cognitives, permettent de porter un nouveau regard sur certaines notions propres à la philosophie de Spinoza, telles que sa « petite physique », la nature cause de soi, la notion de matière, l’essence des choses, les genres de connaissance, qui acquièrent de ce fait un surcroît d’actualité.

Une approche tout à fait nouvelle de la philosophie, et de Spinoza en particulier, grâce à la biologie et aux sciences cognitives.

Henri Atlan est à la fois médecin, biologiste et philosophe. Ancien chef de service à l’hôpital de l’Hôtel-Dieu à Paris, il est professeur émérite de biophysique, fondateur et ancien directeur du Centre de recherche en biologie humaine à l’hôpital universitaire Hadassah de Jérusalem. Il est également directeur d’études en philosophie de la biologie à l’EHESS. Il a notamment publié Entre le cristal et la fumée, Les Étincelles de hasard, ainsi que, aux éditions Odile Jacob, Le Vivant post-génomique, qui ont été de grands succès. 

1. Couverture
2. Titre
3. Copyright
4. Dédicace
5. Préface
6. Avant-propos
7. Avertissement
8. INTRODUCTION - Pourquoi Spinoza
9. PREMIÈRE PARTIE - L'intelligible et le sensible. Actualités de la doctrine
   1. CHAPITRE I - L'ordre du philosopher. La nature
      1. Par quoi il faut commencer
         1. l'essence d'une chose
         2. dieu ou la nature
      2. « Les yeux ont-ils été faits pour voir ? » Le préjugé invétéré des causes finales
      3. La nature auto-organisatrice
      4. Les deux cultures
         1. l'ordre du philosopher
         2. cause de soi
         3. nature naturante et naturée
      5. Intelligo, j'entends, je comprends…
         1. la nature des choses et son intelligibilité
   2. CHAPITRE II - D'une biophysique de l'individu à la nature de l'esprit humain
      1. Quelques prémisses sur la nature des corps
         1. le premier malentendu :une « théorie physique de spinoza »
         2. la théorie de l'individu :une petite biophysique
         3. le rapport de mouvement et de repos
         4. homéostasie et théorie de l'organisme
         5. l'essence d'un individu
         6. la trace mnésique
      2. Autres malentendus : Hans Jonas et son interprétation vitaliste
      3. Omnia animata : le malentendu animiste
         1. mens, animus, anima
         2. animus versus mens dans la théorie des affects
         3. comprendre et puissance de l'esprit,mens ou le mental
         4. passion de l'âme (pathema, ou passio, animi)
      4. L'anima cartésienne
         1. les illusions de la volonté libre
         2. anima et les affects des animaux,entre les pierres et les hommes
      5. Retour sur « tous animés »
         1. l'esprit de la pierre
         2. degrés de composition et de complexité
   3. CHAPITRE III - Matière et pensée : identité et différences
      1. Deux réductionnismes
         1. le cœur de la doctrine
      2. Propositions fondatrices
      3. Des asymétries dans « Une seule et même chose »
         1. « sans relation à… » une clef d'interprétation
      4. Tentations du parallélisme
         1. d'un attribut sur l'autre :pas d'antériorité ni supériorité ;ni matérialisme ni idéalisme
      5. Critiques du parallélisme : égalité des puissances, identité synthétique
         1. égalité des puissances :les affects, lieu privilégié d'observation
         2. identité synthétique
         3. nouveaux malentendus
      6. Les axiomes et le principe de causalité
         1. inversion de é ii, 7 dans la cinquième partie
         2. raisons et causes
      7. Les lois de la nature et la physique mathématique
         1. de l'abstraction des lois mathématiques
         2. entre la cause et son effet :ni tout ni rien en commun(wittgenstein et spinoza)
         3. la génération
         4. pensée magique et temporalité
      8. Matière et sciences physiques. Physique et biologie : un chassé-croisé
         1. « dématérialisation » de la physique
         2. réductionnisme et matérialisation de la biologie
         3. niveaux d'organisations et disciplines académiques
      9. Des abstractions dans la petite physique ?
         1. les abstractions de la physique et les corpora simplissima
         2. abstractions physiques dans l'imagination et objets réels dans l'intellect
         3. les corps, objets d'idées dans l'intellect
   4. CHAPITRE IV - L'inachevé
      1. « Jusqu'à présent, je n'ai rien pu mettre en ordre sur cette question »
      2. Les modes infinis et l'absence de théorie physique
         1. les modes infinis immédiats et médiats
         2. la « figure de l'univers tout entier »,matière et pensée
         3. la matière-pensée de la microphysique
      3. L'intellect infini et les idées de choses qui n'existent pas
         1. deux façons d'exister
         2. comprendre et contenir
         3. l'exemple : puissance d'un point par rapport à un cercle
         4. les essences éternelles
         5. essences et existences dans la nature des choses
         6. une symétrie rétablie dans l'éternité
10. DEUXIÈME PARTIE - Causalités psychophysiques
    1. CHAPITRE V - Les idées et les choses
       1. Le contexte
       2. « L'esprit ne peut déterminer le corps au mouvement, ni au repos, ni à quelque chose d'autre (si ça existe) ». Ce que le Corps peut faire (É III, 2, 2e mouvement et scolie)
       3. La décision consciente n'est pas la cause de l'action volontaire
       4. Actions intentionnelles à exécution différée
       5. L'intention
       6. Incursion chez des contemporains : John Searle, Elizabeth Anscombe
       7. Un modèle d'auto-organisation intentionnelle
          1. une inversion temporelle ?
          2. vers une unité temporelle du soi
       8. Les réseaux neuronaux
          1. limites
          2. éléments de psychophysiologie spinoziste
       9. Quelques rapprochements textuels
    2. CHAPITRE VI - Le corps ne peut pas déterminer l'esprit à penser (É III, 2, 1er mouvement)
       1. Le nouveau réductionnisme de méthode
       2. La conscience multiforme : questions préalables Les mots pour le dire
       3. La conscience objet d'expérimentation
       4. William James et l'invention de la psychophysique
          1. théorie des émotions chez william james
          2. william james philosophe : une évolution
          3. monisme neutre :la conscience existe-t-elle ?
       5. Conscience et connaissance chez Spinoza
          1. rêver les yeux ouverts.le rêve et les états modifiés de conscience
          2. les neurosciences et le rêve
       6. L'erreur et l'imagination
          1. progression et gradualisme :les hommes, les animaux et les autres
       7. La psychophysique de James et Spinoza : le rendez-vous manqué
    3. CHAPITRE VII - Détour par les neurosciences cognitives
       1. La conscience inconsciente : l'inconscient cérébral et l'accès à la conscience et à ce qui s'ensuit
       2. L'accès à la conscience
       3. Applications médicales
       4. La focalisation de l'attention
       5. Conscience de soi
          1. self-consciousness (awareness) et consciousness of the self
       6. Le soi biologique
       7. Conscience de soi, sentiments et émotions dans le corps-esprit
          1. autres applications médicales
          2. sentiments et émotions :une inversion temporelle (james revisité)
       8. Attachements affectifs et organisations sociales. Hommes et animaux
          1. campagnols monogames et polygames
          2. théorie des affects et système de récompense
          3. affects d'attachement :des invertébrés à homo sapiens
    4. CHAPITRE VIII - Causes, corrélations, information, codes neuraux
       1. De quoi parle-t-on ?
       2. Neurones miroirs et « de la grand-mère » : causalité intracérébrale
       3. Information et signification
          1. problèmes de codage
          2. code génétique
          3. codes neuraux
          4. codages d'états mentaux par des états cérébraux ?
          5. « considérer les actions et appétits humains comme s'il était question de lignes,de plans ou de corps » :un langage mathématique à venir ?
    5. CHAPITRE IX - Consciences inconscientes De l'inadéquat à l'adéquat
       1. Le pathologique, amplification du normal
       2. Le défi et le pari
          1. l'erreur et la connaissance adéquate
       3. Développement et évolution de la cognition humaine : continuité dans le changement
          1. continuité dans la différence comme pédagogie
          2. continuité dans la différence :l'automate spirituel, ou le passage possible de la connaissance inadéquate à l'adéquate
          3. le chemin
          4. les deux corollaires de é ii, 16
          5. en résumé
          6. retour sur le pari.le défi relevé
          7. la langue de la technique
          8. affects humains et animaux.le rôle des différents langages
    6. CHAPITRE X - Méthodes de recherches et tentations métaphysiques
       1. La naturalisation de l'esprit
          1. analogies et métaphores :« intentionnalité » dans la nature
          2. barrière d'intentionnalité dans l'évolution adaptative ?
          3. ontologies sous-jacentes
          4. le matérialisme éliminativiste
          5. où les langages humains naturels sont éliminés
    7. CHAPITRE XI - La « nature tout entière » sous chaque attribut
       1. Les autres attributs : une interprétation
          1. retour sur substances et attributs :les dix premières propositions
          2. la tautologie
          3. l'intelligibilité du réel malgré les attributs inconnus
       2. Hypothèses, théories, modèles : sous-déterminations, identité synthétique
       3. Matérialisme et naturalisation de l'esprit : un matérialisme « populaire » ?
          1. spinoza, james, wittgenstein, putnam :un courant atypique bienvenu
          2. un double malentendu
    8. CHAPITRE XII - Émergence et survenance : monisme anomique et identité synthétique
       1. Émergence et survenance en biologie
       2. Émergences : mécanique et métaphysique
       3. Le « mentalisme émergent » de Roger W. Sperry
       4. Émergence et réduction (Jaegwon Kim)
          1. causation mentale
          2. élisabeth de bohême à descartes
          3. la « réalisation » physique
          4. causation « conceptuelle »
       5. Survenance des états mentaux : le rectangle des causalités psychophysiques
       6. Survenance des logiciels : le fonctionnalisme
          1. intelligence artificielle.qu'est-ce que « comprendre » :le test de turing
       7. Nouvelles observations médicales : tentations idéalistes
          1. retour sur le deuxième mouvement de é iii, 2 (pas de détermination du corps par l'esprit)
          2. la psychosomatique :l'histoire extraordinaire de l'ulcère de l'estomac
          3. placebos, dans l'ignorance et en connaissance de cause
          4. neuro-feedback et autres techniques
          5. le monisme anomique
       8. Le cas Davidson
          1. monisme anomique et morale kantienne
          2. causalités diagonales
          3. causa et ratio
          4. rectangle sans diagonales
       9. Causalité opérationnelle extérieure en médecine
          1. thérapies psychophysiologiques
          2. les deux côtés d'une pièce de monnaie
          3. le dehors et le dedans
11. Conclusion
12. Le conatus
    1. Polysémie
       1. le contresens téléologique
       2. puissance, force d'exister,impulsion et essence
    2. Le conatus de la pierre
    3. Les affects primitifs : feed-back négatif et positif
       1. le jugement moral
    4. Du désir aliéné à celui des hommes déterminés par leurs affects à penser et à agir sous la conduite de la raison, puis à la suprême vertu ou puissance
       1. l'effort de comprendre
       2. du désir aliéné vers sa libération
       3. la suprême vertu
       4. une présence de la cause de soi en chaque chose
13. Bibliographie
14. Index des noms
15. Index des matières
16. Index des références à l'Éthique
17. Table