Qu’est-ce qui constitue l’unité et l’identité des êtres vivants ? Telle est la question fondamentale de la biologie. Les techniques récentes de séquençage lui apportent une réponse profondément renouvelée, notamment grâce à la connaissance précise de génomes entiers. Antoine Danchin dresse le tableau de cette découverte essentielle.Il montre en particulier que les organismes vivants, à l’instar de la barque de Delphes, se révèlent infiniment inaccessibles à la prédiction, et capables de produire de l’imprévu. 

Directeur du département de biochimie et génétique moléculaire de l’Institut Pasteur, Antoine Danchin est également l’auteur de L’Œuf et la Poule et Une aurore de pierre

1. Couverture
2. Titre
3. Copyright
4. Sommaire
5. Avant-propos
6. CHAPITRE PREMIER - Qu’est-ce que la vie ?
   1. Théories instructives et théories sélectives
   2. La vie à la lumière de la biologie
   3. Qu’est-ce que la vie ? Physique et génétique
   4. La cellule
   5. Finalisme, téléologie, téléonomie : les organismes vivants savent-ils où ils vont ?
7. CHAPITRE II - La barque de Delphes
   1. Objets et relations entre objets
   2. La construction algorithmique des protéines
   3. Une protéine qui se replie de diverses manières, la protéine « prion »
   4. Conclusion (provisoire) : un retour de l’hérédité cytoplasmique
8. CHAPITRE III - La métaphore alphabétique de l’hérédité
   1. Quelques mots à la mode : information, ordre, complexité, chaos...
   2. Une confusion répandue : le désordre et l’entropie
   3. La signification de l’information selon Shannon
   4. Hasard et information : l’entropie de Wiener et celle de Shannon
   5. Le démon de Maxwell
   6. Le calcul consomme-t-il de l’énergie ?
   7. Les machines de Turing
   8. La complexité algorithmique
   9. Du bon usage de la complexité
   10. L’apparition du temps : la profondeur de l’information
   11. Décidable, indécidable
   12. Données, machines et programmes
9. CHAPITRE IV - Le séquençage des génomes
   1. Comment détermine-t-on la séquence d’un génome ?
   2. Comment se transmet la mémoire héréditaire, ou la réplication de l’ADN
   3. Séquençage d’un fragment d’ADN
   4. Obtention des fragments à séquencer
   5. La réaction de polymérisation en chaîne (connue sous le nom anglais de Polymerase Chain Reaction ou PCR)
   6. Les erreurs du séquençage
   7. L’analyse des séquences génomiques in silico
   8. Gérer l’immensité de la connaissance des génomes
10. CHAPITRE V - L’exploration des premiers génomes
    1. Microbes, génétique et génomes
    2. Le séquençage du génome de la levure Saccharomyces cerevisiae
    3. Cent ans après la mort de Pasteur, les premiers génomes
    4. Des génomes par dizaines
    5. Bactéries pathogènes et maladies
    6. Le séquençage du génome humain
11. CHAPITRE VI - L’animal dans la machine
    1. Que regarder dans le texte des génomes ?
    2. Modèles et réalité
    3. Un modèle exemplaire, celui de l’opéron lactose
    4. Exploration des fonctions biologiques : la phénoménologie
    5. Du bon usage des modèles statistiques
    6. Annoter les séquences
    7. Préludes à la découverte : l’exploration des voisinages
    8. Que découvre-t-on dans les séquences génomiques ?
    9. Le plan de la cellule est dans le chromosome
    10. Le plan de l’organisme est dans le texte génomique
    11. Comparer les génomes : du passé à l’avenir de la vie
    12. L’ingénierie des génomes
12. ÉPILOGUE
    1. Ultime remarque
13. Remerciements
14. Petit glossaire technique
15. Bibliographie sommaire
16. Du même auteur